Λευκά και καφέ αυγά σημειώνουν κάποιες διαφορές μεταξύ τους. 
Το χρώμα του αυγού καταρχάς καθορίζεται από τα γονίδια.Οι κότες με άσπρα φτερά και λευκούς λοβούς αυτιών γεννούν άσπρα αβγά, ενώ αντίθετα εκείνους που έχουν καφετί-κόκκινο φτέρωμα και κόκκινους λοβούς αυτιών κάνουν τα μπεζ-καφέ αβγά.Υπάρχουν είδη που κάνουν αβγά με μπλε απόχρωση και άλλα που γεννούν αβγά γεμάτα βούλες.

Όσον αφορά τη ποιότητα του αυγού αλλά και τη γεύση του, εκείνες δεν καθορίζοντα. Κάποιοι ειδικοί υποστηρίζουν ότι ίσως τα καφέ αβγά να έχουν περισσότερα ωμέγα-3, και πάλι όμως η διαφορά είναι απειροελάχιστη. 
Τα καφέ αυγά είναι συνήθως πιο ακριβά γιατί οι καφέ κότες είναι και μεγαλύτερες από τις λευκές και έτσι χρειάζονται περισσότερη τροφή. 

Διαφορές στο κέλυφος των αυγών, οφείλονται στην ηλικία της κότας. Οι πιο νεαρές κότες κάνουν αυγά με πιο σκληρό κέλυφος.