Βράζετε τις πένες σε αλατισμένο νερό, τις στραγγίζετε και τις λαδώνετε ελαφρώς για να μην κολλήσουν. 
Καθαρίζετε και κόβετε σε μικρά κυβάκια κύβους τα κολοκυθάκια, τη μελιτζάνα και τα καρότα. Πλένετε και ψιλοκόβετε την πιπεριά.
Σωτάρετε σε λίγο λάδι όλα τα λαχανικά, τα ανακατεύετε μέχρι να μαλακώσουν λίγο, ρίχνετε τον ντοματοπελτε, τον κύβο και νερό ίσα που να σκεπάσει τα λαχανικά. 
Ανακατεύετε να διαλυθεί ο κύβος, σκεπάζετε και αφήνετε να σιγοβράσουν για 15΄. 
Προσθέτετε αλάτι και πιπέρι, ενώ εάν χρειάζεται, βάζετε λίγο ρίγανη και μαϊντανό. 
Ανακατεύετε τις πένες με τα λαχανικά και τη φέτα. 
Τα τοποθετείτε σε πυρέξ και ρίχνετε από πάνω τα τυριά ή αν θέλετε μπορείτε να φτιάξετε μπεσαμέλ. 
Ψήνετε σε προθερμασμένο φούρνο στους 200°C για 30΄.